Ordenació que presenten els àtoms dins la molècula. A través de l'anàlisi elemental quantitativa i de la determinació del pes molecular hom pot establir la fórmula molecular d'un compost; el problema que es planteja aleshores és el coneixement de la seva estructura, puix que hi ha la possibilitat de composts diferents amb la mateixa fórmula molecular, els quals difereixen en l'ordenació dels seus àtoms (isomeria estructural); i àdhuc hi ha composts diferents tot i que presenten la mateixa ordenació dels àtoms en la molècula, diferint només en la posició relativa d'aquests àtoms en l'espai (estereoisomeria).